深海越狱在第三季也是最终季中，《暗黑》突破时空的概念，得出了令人意外的结局。来到新世界后，乔纳斯试图弄明白这一个温登小镇对于他自己的命运有何意义，而留在另一个世界的人们试图打破扭曲时空的循环。两个世界，光明与黑暗。中间穿插着史诗般的悲情故事。